Η μονή του Αγίου Ιωάννου του Θεολόγου, στην περιοχή του Μαζαρακίου Βαγίων ανάμεσα στην επαρχιακή οδό Θήβας Αλιάρτου, ιδρύθηκε τον 16° αιώνα. Από τότε χρονολογείται και ο ναός της, αφιερωμένος στον απόστολο και ευαγγελιστή Ιωάννη το Θεολόγο. Είναι χτισμένος σε βυζαντινό ρυθμό από ταπεινή πέτρα του γειτονικού βουνού, προφανώς από τα χέρια απλών χτιστάδων του λαού και απλών μοναχών των δύσκολων χρόνων της Τουρκοκρατίας.
Ο «άγιος Γιάννης», όπως τον λένε οι ντόπιοι, έζησε τον επαναστατικό αναβρασμό του 1821 και οι μοναχοί του διασκορπίστηκαν. Επανήλθαν μετά την απελευθέρωση, αλλά μόνον ως το 1833, οπότε διώχτηκαν οριστικά στον ασυγχώρητο και δυσερμήνευτο ακόμη από τους ιστορικούς, διωγμό του ορθοδόξου μοναχισμού που το 1833 έκλεισε 378 μονές!
Η μονή εισήλθε στη νέα περίοδο της ζωής της το 1969, οπότε επί Μητροπολίτου Θηβών και Λεβαδείας Νικοδήμου Γραικού ανασυστάθηκε και επαναλειτούργησε ως γυναικεία. Νέα οικοδομήματα «κελιών» και εργαστηρίων οικοδομήθηκαν και συντηρήθηκε ο ιστορικός της ναός. Από το 1981 εγκαταβιώνει εδώ η σημερινή αδελφότης, συνοδεία της μοναχής Ευπραξίας.
Οι μοναχές εύχονται να βιώσουν στο χώρο αυτό τις αρχές του παραδεδομένου ανατολικού ορθοδόξου μοναχισμού, όπως παρέλαβαν από τη ζώσα μοναχική παράδοση στον τόπο μας και όπως φιλοκαλικά αναζητούν στα ορθόδοξα ασκητικά συγγράμματα.
Στα καθημερινά τους διακονήματα περιλαμβάνεται η χρυσοκεντητική, η αγιογραφία, το ζύμωμα λιβανιού, η παραδοσιακή ζύμη φύλλου, η ξυλουργική, η τυροκομία και με ξεχωριστή αγάπη, η βυζαντινή μουσική.
Στο μοναστήρι από το 1986 ως το 1996, έτος κοίμησής του, φιλοξενήθηκε ο μακαριστός Μητροπολίτης Θηβών και Λεβαδείας Νικόδημος Γραικός, γνωστός στην ορθόδοξη Εκκλησία ως ο πνευματικός των «κωφαλάλων» αδελφών μας. Ο τάφος του βρίσκεται σήμερα πίσω από το παρεκκλήσιο των Μυροφόρων. Η ευχή του σκεπάζει την αδελφότητα μας, της οποίας διετέλεσε και πνευματικός.
Πρόσφατα η μονή ευτύχησε να φιλοξενεί το σκήνωμα του μακαριστού πλέον πατρός Μιχαήλ Καρδαμάκη, εφημερίου της Μονής από το 2000 έως το 2006. Ο πατήρ Μιχαήλ με τη θερμουργή αγάπη προς τον «Κύριο του», με την ταπεινοφροσύνη με την οποία πέρασε ανάμεσά μας, μας άφησε μνήμη ασκητικού και μεγάλου θεολόγου.
Ο προστάτης της μονής άγιος Ιωάννης θεολόγος εορτάζεται δύο φορές το χρόνο: στις 8 Μαΐου και στις 26 Σεπτεμβρίου.
